A maioria dos quistos que ocorrem em mulheres em idade fértil são quistos funcionais, que se resolvem naturalmente em 3 meses, embora possam causar complicações.
Se o quisto não se romper ou causar hemorragia, é necessário um tratamento cirúrgico.
O tratamento pode consistir na administração de medicamentos que encolhem o quisto, anti-inflamatórios não esteróides e analgésicos.
Quando os quistos reaparecem, são administradas pílulas contraceptivas para evitar a ovulação e a formação de novos quistos.
Quando há suspeita de cancro, é frequentemente efectuada uma laparoscopia para remover os quistos.
A remoção cirúrgica implica a remoção do quisto através de uma incisão e a recolha de uma amostra para biópsia para excluir a hipótese de cancro.